Consumado el descenso a Segunda tras 66 años, el Atlético se tomó aquel desastre como un accidente. Se trabajó para que el tránsito por la división de plata fuera lo más efímero posible. Las campañas de publicidad del club así lo indicaban. Famoso fue el eslogan «un añito en el infierno». La afición respondió. Se pasó de 30.000 a más de 42.000 abonados. Mientras las causas judiciales contra Jesús Gil continuaban, en lo deportivo Zambrano fue el entrenador encargado de devolver al Atlético a la élite. Pero solo duró cinco jornadas. El proyecto de Gil para volver a Primera se agotó tras una victoria, un empate y tres derrotas. Le sustituyó Marcos Alonso, pero al equipo colchonero le costó salir del pozo en el que se encontraba.
Los líos judiciales del Gil y la mala trayectoria del equipo ahondaron en la división entre afición y directiva. Las pancartas pidiendo la salida de la familia Gil del Atlético eran habituales. El presidente colchonero destituyó a Miguel Ángel Ruiz de la secretaría técnica y puso en su lugar a Paulo Futre. El portugués, un ídolo para los hinchas, sería el encargado de hablar con los medios y la cara del club. Gracias a él, Gil ganó las elecciones del 87. En el peor momento de la historia rojiblanca, el mandatario rojiblanco volvió a echar mano de él. Años después hay quien vio un símil con la llegada de Simeone. Pero eso es otra historia.
El paso de las jornadas mejoró el hacer del Atlético en Segunda, pero no lo suficiente. De hecho, Marcos Alonso fue destituido en la jornada 35. Cantanero ocupó su lugar. Los colchoneros apretaron en la recta final. Según recortaban distancias con sus rivales, estos comenzaron a señalar que existía una campaña arbitral para que el equipo del Calderón volviera a Primera. A falta de cuatro jornadas, el Atleti tenía el ascenso a cuatro puntos de distancia. Entonces apareció Fernando Torres, el que sería el buque insignia de la hinchada colchonera durante los siguientes años.
Su irrupción dio alas a los suyos que pelearon por el ascenso hasta la última jornada. Solo el Sevilla había ascendido matemáticamente a esas alturas. Betis (72 puntos), Tenerfife (71) y Atleti (71), se jugaban las dos plazas restantes. Durante 40 minutos los colchoneros estuvieron en Primera, pero el gol del Tenerife en la recta final acabó con las ilusiones rojiblancas. El añito en el infierno se alargó. Un mazazo.
A finales de esa temporada ya se conocía que Luis Aragonés sería el entrenador del Atlético de Madrid el curso siguiente. El técnico había clasificado al Mallorca para la Champions League, pero en su contrato existía una cláusula que lo liberaba si el Atleti lo llamaba. Detalles. El de Hortaleza se llevó consigo del Mallorca al ‘Mono’ Burgos. Otro que cambió la Champions por la Segunda división. Aquel curso las cosas fueron muy diferentes al anterior. Los rojiblancos empezaron con buen pie y en la primera vuelta solo cedieron tres derrotas siendo líderes en solitario con siete puntos de ventaja.
El equipo no perdió el paso y a falta de dos jornadas para el final confirmó el ascenso. El Atlético de Madrid volvió a Primera 721 días después. Diego Alonso fue el pichichi aquel año, de la misma forma que otro colchonero, Salva Ballesta lo fue el curso anterior. Ni siquiera la condena a Jesús Gil por el caso Camisetas, pudo romper la fortaleza de aquel equipo.
En la 2002/2003 el Atlético retornaba a la Primera División. Las ilusiones eran muchas, pero lo cierto es que la prudencia aconsejaba cautela. El presupuesto del equipo rojiblanco fue el cuarto más alto de la Liga. El inicio del campeonato dejó entrever que sería un año complicado para los del Manzanares. El equipo avanzaba en tierra de nadie, por lo que Aragonés se esforzó en recalcar que «lo importante son los 45 puntos». No renunciaban a nada, pero querían evitar sustos. Así se llegó al 2003, año del Centenario. Empezó con derrota ante el Villarreal. Premonitoria.
La familia Gil continuaba con problemas judiciales por el ‘caso Atlético’ y en lo deportivo nada invitaba al optimismo. Tan solo los actos del Centenario ilusionaron a la hinchada. El 26 de abril de 2003, cerca de 70.000 personas portaron una gran bandera que se convirtió en la más grande la historia con unas medidas de 1,5 kilómetros de largo por 8 metros de ancho, entrando en el libro de los Records. Aquel día acabó con la derrota del Atlético 0-1 ante el Osasuna.
El Atlético de Madrid finalizó la temporada de su regreso a Primera 11º, lejos de Europa. Luis Aragonés se despidió como entrenador del Atlético de Madrid. Nunca más dirigiría al equipo de su vida. Además en mayo de ese año, Jesús Gil anunció que dejaba la presidencia de Atlético de Madrid, acuciado por la Justicia. Su lugar lo ocupó Enrique Cerezo. A raíz de la salida del patriarca de los Gil, Miguel Ángel Gil Marín declaró: «Los míos me han encargado que recupere el patrimonio familiar invertido en el Atlético, sin lesionar los intereses del club. Después nos vamos. Esa inversión está cifrada en unos 48 millones de euros. Nos pagan eso y nos vamos; ese es nuestro principal deseo».